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Markus
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075cc988a5
commit
d93dcf4fcc
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@ -2,7 +2,7 @@
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"cells": [
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 455,
|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
"source": [
|
||||
|
|
@ -24,7 +24,7 @@
|
|||
},
|
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{
|
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"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 456,
|
||||
"execution_count": 492,
|
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"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
|
|
@ -44,7 +44,7 @@
|
|||
},
|
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{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 457,
|
||||
"execution_count": 493,
|
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"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
|
|
@ -67,7 +67,7 @@
|
|||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 458,
|
||||
"execution_count": 494,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
|
|
@ -75,11 +75,11 @@
|
|||
"MINUTE = 60*SECOND\n",
|
||||
"HOUR = 60*MINUTE\n",
|
||||
"DAY = 24*HOUR\n",
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||||
"DURATION_OF_UNIT_OF_TIME = 1*DAY\n",
|
||||
"DURATION_OF_A_STEP = 1*DAY\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"experiment_steps = 1000\n",
|
||||
"experiment_duration = experiment_steps * DURATION_OF_UNIT_OF_TIME\n",
|
||||
"time_array = np.arange(0,experiment_steps*DURATION_OF_UNIT_OF_TIME,DURATION_OF_UNIT_OF_TIME)"
|
||||
"experiment_duration = experiment_steps * DURATION_OF_A_STEP\n",
|
||||
"time_array = np.arange(0,experiment_steps*DURATION_OF_A_STEP,DURATION_OF_A_STEP)"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
|
|
@ -91,7 +91,7 @@
|
|||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 459,
|
||||
"execution_count": 495,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
|
|
@ -107,13 +107,15 @@
|
|||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 460,
|
||||
"execution_count": 496,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"states_names = ['a', 'b', 'c']\n",
|
||||
"states_data = [[np.zeros(experiment_steps)]*len(states_names)]*monte_carlo_runs\n",
|
||||
"states_data = np.zeros((monte_carlo_runs, experiment_steps, len(states_names)), dtype=int)"
|
||||
"states_data = np.zeros((monte_carlo_runs, experiment_steps, len(states_names)), dtype=int)\n",
|
||||
"# states_data is a 3-dimensional array - montecarlo, time, states\n",
|
||||
"# montecarlo[time[states]]"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
|
|
@ -125,7 +127,7 @@
|
|||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 461,
|
||||
"execution_count": 497,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
|
|
@ -144,7 +146,7 @@
|
|||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 462,
|
||||
"execution_count": 498,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
|
|
@ -161,7 +163,7 @@
|
|||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 463,
|
||||
"execution_count": 499,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
|
|
@ -177,10 +179,11 @@
|
|||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 464,
|
||||
"execution_count": 500,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"# state/mechanism matrix\n",
|
||||
"def mech_one(_states_data, _time_array, _run, _step, args):\n",
|
||||
"# print('mech 1')\n",
|
||||
" _states_data[_run, _step, states_names.index('a')] += (1-mech_one_coef_A)*args[0]\n",
|
||||
|
|
@ -215,7 +218,7 @@
|
|||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 465,
|
||||
"execution_count": 501,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
|
|
@ -234,7 +237,7 @@
|
|||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 466,
|
||||
"execution_count": 502,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
|
|
@ -268,7 +271,7 @@
|
|||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 467,
|
||||
"execution_count": 503,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
|
|
@ -284,7 +287,7 @@
|
|||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 468,
|
||||
"execution_count": 504,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
|
|
@ -301,7 +304,7 @@
|
|||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 469,
|
||||
"execution_count": 505,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
|
|
@ -324,7 +327,7 @@
|
|||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 470,
|
||||
"execution_count": 506,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [
|
||||
{
|
||||
|
|
@ -348,7 +351,7 @@
|
|||
" states_data = b(_states_data=states_data,\n",
|
||||
" _time_array=time_array, \n",
|
||||
" _run=i, \n",
|
||||
" _step=t)"
|
||||
" _step=t) #behaviors have access to exogenous data @ step-1, not @ step"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
|
|
@ -360,7 +363,7 @@
|
|||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 471,
|
||||
"execution_count": 507,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [
|
||||
{
|
||||
|
|
@ -400,177 +403,177 @@
|
|||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>86400</th>\n",
|
||||
" <td>15</td>\n",
|
||||
" <td>-7</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>316</td>\n",
|
||||
" <td>293</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>172800</th>\n",
|
||||
" <td>-29</td>\n",
|
||||
" <td>-20</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>272</td>\n",
|
||||
" <td>280</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>259200</th>\n",
|
||||
" <td>28</td>\n",
|
||||
" <td>3</td>\n",
|
||||
" <td>332</td>\n",
|
||||
" <td>-86</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>214</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>345600</th>\n",
|
||||
" <td>19</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>323</td>\n",
|
||||
" <td>-67</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>234</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>432000</th>\n",
|
||||
" <td>26</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>331</td>\n",
|
||||
" <td>-67</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>233</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>518400</th>\n",
|
||||
" <td>56</td>\n",
|
||||
" <td>-91</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>363</td>\n",
|
||||
" <td>209</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>604800</th>\n",
|
||||
" <td>20</td>\n",
|
||||
" <td>-99</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>327</td>\n",
|
||||
" <td>201</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>691200</th>\n",
|
||||
" <td>40</td>\n",
|
||||
" <td>2</td>\n",
|
||||
" <td>349</td>\n",
|
||||
" <td>-93</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>207</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>777600</th>\n",
|
||||
" <td>22</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>331</td>\n",
|
||||
" <td>-104</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>196</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>864000</th>\n",
|
||||
" <td>-23</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>286</td>\n",
|
||||
" <td>-101</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>199</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>950400</th>\n",
|
||||
" <td>-52</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>257</td>\n",
|
||||
" <td>-86</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>214</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1036800</th>\n",
|
||||
" <td>-33</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>276</td>\n",
|
||||
" <td>-92</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>208</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1123200</th>\n",
|
||||
" <td>-33</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>274</td>\n",
|
||||
" <td>-92</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>210</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1209600</th>\n",
|
||||
" <td>-21</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>286</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1296000</th>\n",
|
||||
" <td>-15</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>292</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1382400</th>\n",
|
||||
" <td>-20</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>287</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1468800</th>\n",
|
||||
" <td>-1</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>306</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1555200</th>\n",
|
||||
" <td>9</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>317</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1641600</th>\n",
|
||||
" <td>2</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>310</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1728000</th>\n",
|
||||
" <td>6</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>315</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1814400</th>\n",
|
||||
" <td>-66</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>243</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1900800</th>\n",
|
||||
" <td>-106</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>-99</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>203</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1296000</th>\n",
|
||||
" <td>-122</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>180</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1382400</th>\n",
|
||||
" <td>-135</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>167</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1468800</th>\n",
|
||||
" <td>-161</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>141</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1555200</th>\n",
|
||||
" <td>-161</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>141</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1641600</th>\n",
|
||||
" <td>-187</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>115</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1728000</th>\n",
|
||||
" <td>-195</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>107</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1814400</th>\n",
|
||||
" <td>-201</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>101</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1900800</th>\n",
|
||||
" <td>-189</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>113</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>1987200</th>\n",
|
||||
" <td>-119</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>190</td>\n",
|
||||
" <td>-189</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>112</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>2073600</th>\n",
|
||||
" <td>-117</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>192</td>\n",
|
||||
" <td>-189</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>111</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>2160000</th>\n",
|
||||
" <td>-145</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>164</td>\n",
|
||||
" <td>-191</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>109</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>2246400</th>\n",
|
||||
" <td>-152</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>157</td>\n",
|
||||
" <td>-200</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>100</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>2332800</th>\n",
|
||||
" <td>-164</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>145</td>\n",
|
||||
" <td>-206</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>94</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>2419200</th>\n",
|
||||
" <td>-166</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>143</td>\n",
|
||||
" <td>-206</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>94</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>2505600</th>\n",
|
||||
" <td>-168</td>\n",
|
||||
" <td>0</td>\n",
|
||||
" <td>141</td>\n",
|
||||
" <td>-218</td>\n",
|
||||
" <td>1</td>\n",
|
||||
" <td>82</td>\n",
|
||||
" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
||||
" <th>...</th>\n",
|
||||
|
|
@ -582,181 +585,181 @@
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|||
" <tr>\n",
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" <th rowspan=\"30\" valign=\"top\">99</th>\n",
|
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|
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|
||||
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|
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|
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|
||||
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|
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|
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|
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|
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" <td>-386</td>\n",
|
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|
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|
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|
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|
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|
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" <td>-386</td>\n",
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|
||||
" <td>0</td>\n",
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" </tr>\n",
|
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" <tr>\n",
|
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" <th>84067200</th>\n",
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|
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|
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|
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|
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" <td>0</td>\n",
|
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|
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" <tr>\n",
|
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" <th>84412800</th>\n",
|
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|
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" <td>-386</td>\n",
|
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|
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" <td>0</td>\n",
|
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" </tr>\n",
|
||||
" <tr>\n",
|
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" <th>84499200</th>\n",
|
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" <td>-302</td>\n",
|
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" <td>-386</td>\n",
|
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" <td>0</td>\n",
|
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" <td>0</td>\n",
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|
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" <tr>\n",
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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" <tr>\n",
|
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|
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|
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|
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" <tr>\n",
|
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" <th>84758400</th>\n",
|
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|
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|
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|
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|
||||
" <tr>\n",
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
" <tr>\n",
|
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|
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|
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|
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|
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" <tr>\n",
|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
" <tr>\n",
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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" 2160000 -191 1 109\n",
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" 2419200 -206 1 94\n",
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"... ... .. ...\n",
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